El Instituto Superior Juan Pablo II se rige por los siguientes principios:

• La Convivencia y la Tolerancia

• La Honestidad y la Responsabilidad, dentro de la pluralidad ideológica y el respeto a los derechos individuales y sociales.

• La Valoración Integral del Ser Humano, superando toda forma de discriminación e inequidad.

• La Libertad y la Autonomía, principios esenciales para formar personas capaces de decidir en libertad y con responsabilidad.

El compromiso del Instituto Superior Juan Pablo II es la búsqueda permanente de la verdad a través del conocimiento, con el aporte de las ciencias, las artes y el saber, mediante la constante superación individual como seres humanos y hacia la realización colectiva como sociedad. Este compromiso se ve reflejado en las palabras de Juan Pablo II cuya expresión "Es la caridad y el servicio los que nos salvan y nos abren el camino hacia la verdad".

Establece sus fines: El desarrollo de la personalidad humana inspirada en los valores de la justicia, la democracia y la libertad; la enseñanza y la formación profesional superior; la investigación del saber humano; el servicio a la comunidad en los ámbitos de su competencia; y el estudio de la problemática nacional.